Der Lesesaal Sammlungen (Bereich Handschriften) dient der Benutzung von Handschriften, Nachlässen, Autographen, alten und wertvollen Drucken sowie alten und wertvollen Karten, Plänen und Graphiken. Da diese Bestände in einem besonders gesicherten, klimatisierten Magazinbereich untergebracht sind, ist eine Sofortausleihe nicht möglich.

Im Bereich Handschriften befindet sich neben einer Auswahl an fachwissenschaftlichen Zeitschriften ein Präsenzbestand von zur Zeit ca. 6.000 Bänden mit den Hauptschwerpunkten Handschriften- und Inkunabelkunde. Es handelt sich hier in erster Linie um Hilfsmittel bei der Benutzung der Handschriften und Inkunabeln. Man findet hier z.B. eine große internationale Sammlung gedruckter Handschriften- und Autographenkatalogen. Außerdem sind zahlreiche Faksimiles mittelalterlicher Handschriften in einen Nebenraum aufgestellt.

Die im Bereich Handschriften präsent aufgestellten Bücher sind im Computersystem Suchen und Ausleihen nachgewiesen, wo sie durch den Signaturzusatz HS gekennzeichnet sind. Der Zugriff ist an den Bildschirmarbeitsplätzen in der Badischen Landesbibliothek und über das Internet möglich.

Der Lesesaalbestand der einzelnen Fachgruppen ist aufgeführt unter Aufstellungssystematik Handschriften und alte Drucke, eine Sucheinschränkung auf den Präsenzbestand wird angeboten unter Suchen und Ausleihen - Besondere Suchanfragen - Lesesäle und Informationszentrum.

Die Badische Landesbibliothek hat im 2. Weltkrieg bekanntlich nahezu ihren gesamten Buchbestand verloren. Durch rechtzeitige Auslagerung konnten jedoch die Hauptmenge der Handschriften und Inkunabeln sowie ein kleinerer Teil sonstiger wertvoller Drucke gerettet werden. Diese Bestände bilden den Kern der obengenannten wertvollen Sondersammlungen, die seit Kriegsende teils durch Kauf, teils durch Schenkungen erheblich vermehrt werden konnten.

Der im internationalen Vergleich bedeutende Handschriftenbestand umfasst etwa 5.500 Bände bzw. Konvolute, darunter etwa 2.500 mittelalterliche und frühneuzeitliche Codices und etwa 75.000 neuzeitliche Autographen (meist aus neueren Nachlässen, u. a. von Hermann von der Hardt, Johann Peter Hebel, Friedrich Creuzer, Hans Thoma, Alfred Mombert, Reinhold Schneider).

Die mittelalterlichen Handschriften stammen ganz überwiegend aus säkularisiertem Klosterbesitz. Sie gelangten zu Beginn des 19. Jahrhunderts nach Karlsruhe. Mit 267 Pergamenthandschriften, 162 Papierhandschriften und 212 Fragmenten ist die Handschriftenbibliothek des berühmten Inselklosters auf der Reichenau mit ihren überwiegend frühmittelalterlichen Beständen die bemerkenswerteste unter den zahlreichen Klosterprovenienzen.

Kunsthistorisch hoch bedeutend ist die Sammlung aus St. Peter im Schwarzwald (insgesamt 212 Codices) wegen des besonders hohen Anteils qualitätvoll illuminierter Handschriften. Einen weiteren herausragenden Schwerpunkt bildet die deutsche Literatur des Mittelalters, die durch die erst 1994 erworbenen Handschriften aus der Fürstlich Fürstenbergischen Hofbibliothek in Donaueschingen ganz erheblich vermehrt werden konnte. Im Jahr 2001 kam als Leihgabe die zuvor von der Landesbank Baden-Württemberg erworbene Nibelungen-Handschrift C dazu.